本发明提供了一种生物柴油的制备方法，所述方法包括将假丝酵母脂肪酶与混合离子液体、废油脂以及甲醇混合反应的步骤，其中，甲醇和废油脂的摩尔比为5‑7:1，每克废油脂中假丝酵母脂肪酶的添加量为80‑100U，废油脂和混合离子液体的质量比为10:0.7‑1.5，混合离子液体为含水9wt％‑20wt％的亲水性离子液体。本发明提供的生物柴油的制备方法，采用亲水性离子液体和水的混合离子液体作为溶剂，提高了废油脂转化率，降低生物柴油的酸值，减少了萃取溶剂的消耗，避免有机试剂对环境的污染，分离所得产品各项技术指标均达到生物柴油标准，可直接作为工业产品使用。